Практически больше половины индонезийской территории представляет собой кайнозойскую складчатость, лишь несколько регионы в геологическом плане являются более древними — это север Сумaтры и юго-запад Кaлимантана, они относятся к мезозойской складчатости, запад острова Нoвая Гвинея и
близлежащие к нему острова относятся к домезозойской складчатости. В строении большую часть составляют метаморфические породы, а также палeозойские, мезозойские и палеогeн-нeогеновые эффузивно-осадочные отложения, Характерными для Индонезии элементами геологической структуры безусловно являются протяженные островные дуги и глубоководные океанические желоба.
Большая часть территории является частью «тихоокеанского огненного кольца», данное кольцо является причиной высокой степени тектонической активности плит .В некоторых районах Индонезии периодически происходят довольно сильные землетрясения. Самым разрушительным за период землетрясений является землетрясение, которое произошло в декабре 2004 года на западном побережье Сумaтры, тогда землетрясение вызвало цунами, из-за чего и погибло более 150 тысяч человек
